우리나라 서남단 다도해 중에서 목포와 가장 가까운 섬인 압해도의 금산사는 압해도 가룡리 금산(101.4m)의 남쪽 골짜기 산사면에 자리하고 있다.

『金山寺序(금산사서)』에 의하면 "갑술년(1904년 추정)에 압해도 분매리에 거주하는 강성규, 목포의 강영옥씨와 부인 배씨 등이 이곳에 들러 산수가 좋고 경치가 수려하여 불심을 전파하고자 사찰을 창건하였다"고 기록되어 있다. 일설에는 그보다 훨씬 이전부터 사찰이 있었던 장소는 금산사는 천년이상 된 고찰이라고 전해오기도 한다. 그러나 이와 관련된 세부적인 자료나 관련 유적이 남아 있지 않아 그 내력을 정확히 가늠할 수 없는 실정이다.

1981년에 사찰이 보수되었으며, 현재의 건물을 1993년 신도들에 의해 중창된 것이다.
사찰은 대웅전 1동, 산식각·칠성각 1동, 요사채 1동, 자명당 1동, 극락전 1동 등 총 5동의 건물이 위치하고 있다. 1988년 7월 27일 전통사찰 제50호로 등록되었다. 신안군 도서지역의 불교 사찰 전파과정을 살펴볼 수 있으며, 압해도의 유일한 전통사찰로서 가치를 지니고 있다.